Il Centro, per il raggiungimento degli obiettivi del suo ampio mandato, è strutturato in due Sezioni: 

1. Sezione per la Formazione degli Insegnanti e dei dirigenti scolastici di ogni ordine e grado di scuola: Formazione insegnanti
2. Sezione per la Formazione del personale Sapienza, docenti e discenti: Formazione del personale Sapienza

Sono Organi di ciascuna delle due Sezioni: 
• il Coordinatore della Sezione, con funzioni di coordinamento delle attività promosse e svolte; 
• il Comitato Scientifico che attende all’espletamento delle attività promosse e svolte dalle due differenti Sezioni. I suoi componenti sono nominati dal Coordinatore della rispettiva Sezione. La Sezione Formazione insegnanti prevede una specifica articolazione (secondo quanto previsto dal DPCM 4.08.2023 e ss.mm.ii., così come statuito ai successivi articoli 4 e 9).

Gli Organi del Centro sono:

• il Direttore 
• il Vice-Direttore 
• il Comitato Direttivo di cui fanno parte i Coordinatori delle Sezioni 
• il Consiglio Tecnico-Scientifico di cui fanno parte i componenti dei Comitati Scientifici delle due Sezioni.

 
Limitatamente alle attività della Sezione Formazione Insegnanti (DPCM 4.08.2023 e ss.mm.ii.) sono Organi:

• la Giunta
• il Consiglio, quale organo deliberante 
• i Direttori dei percorsi di formazione iniziale degli insegnanti delle scuole secondarie di I e II grado 
• i Consigli didattici uno per ogni corso di formazione iniziale degli insegnanti